已抵扣的农产品发票，若因销售方被查导致无法开具合规发票，需立即进行进项税额转出。具体操作如下：1. **进项税额转出**：在收到税务机关通知或确知销售方存在问题的当期，将已抵扣的进项税额从当期进项税额中扣减，增加当期应纳税额。在增值税申报表附表二“进项税额转出额”相应栏次（如“免税项目用”、“非正常损失”等，需根据实际情况判断选择）填写转出金额。2. **账务处理**：借记相关成本费用科目（如“主营业务成本”、“库存商品”等），贷记“应交税费——应交增值税（进项税额转出）”。3. **凭证处理**：原抵扣凭证（发票）需单独保管备查，不得继续作为抵扣凭证。同时，应积极与销售方沟通，尝试获取税务机关出具的证明文件或其他合规凭证，以备核查。4. **后续处理**：若涉及企业所得税税前扣除，因无法取得合规票据，相应成本费用不得在企业所得税前扣除，需在汇算清缴时进行纳税调增。核心原则是：抵扣凭证失效，已抵扣的税款必须转出补缴。