公司注销时可以选择不申请退税，不会有负面影响。但需注意： 1. 注销前应完成所有税务事项的清理 2. 建议在注销清算报告中说明放弃退税的情况 3. 保留完整的汇算清缴申报资料备查

24年企业所得税退税操作流程：1. 登录电子税务局，进入"我要办税-一般退（抵）税管理"2. 选择"汇算清缴结算多缴退抵税"模块3. 填写退税申请表并提交相关材料可以放弃退税。放弃退税无需提交专门资料，只需在汇算清缴时不做退税申请即可。但建议留存相关申报表备查。