不需要再单独打款。你之前给分公司打的3000万，如果属于为该项目垫付的款项，那么收到400万补贴后，直接用这笔补贴冲减你账面上的“其他应收款—分公司”或长期应收款即可；分公司账上同时冲减“其他应付款—总公司”。补贴归属和用途要区分：如果补贴是给总公司的，且政府未指定用于分公司，则总公司可自行留用，但分公司前期垫付的3000万如需收回，则要另作往来处理。若补贴指定用于分公司项目，则账务处理如下：总公司：1. 前期打款时：借其他应收款—分公司 3000万，贷银行存款 3000万2. 收到补贴（代分公司收取）：借银行存款 400万，贷其他应付款—分公司 400万3. 以补贴抵减前期垫付款：借其他应付款—分公司 400万，贷其他应收款—分公司 400万分公司：1. 收到总公司打款：借银行存款 3000万，贷其他应付款—总公司 3000万2. 补贴到账后冲抵债务：借其他应付款—总公司 400万，贷递延收益（或营业外收入/其他收益）400万，后续按政府补助用途分期结转。开不征税发票只是增值税处理，不影响上述会计处理。最终看补贴文件怎么约定，若约定补贴只给总公司、与分公司无关，则分公司不能确认收入，总公司确认为政府补助，之前3000万按借款或投资处理。