可以正常计入在建工程，后期转入固定资产的成本，没有发票的部分，对应的折旧费不能税前扣除，是在所得税汇算清缴的申报表上填写调增的。

依据国家税务总局关于发布《企业所得税税前扣除凭证管理办法》的公告(国家税务总局公告2018年第28号)： 第十三条 企业应当取得而未取得发票、其他外部凭证或者取得不合规发票、不合规其他外部凭证的，若支出真实且已实际发生，应当在当年度汇算清缴期结束前，要求对方补开、换开发票、其他外部凭证。补开、换开后的发票、其他外部凭证符合规定的，可以作为税前扣除凭证。　　 第十四条 企业在补开、换开发票、其他外部凭证过程中，因对方注销、撤销、依法被吊销营业执照、被税务机关认定为非正常户等特殊原因无法补开、换开发票、其他外部凭证的，可凭以下资料证实支出真实性后，其支出允许税前扣除：　　(一)无法补开、换开发票、其他外部凭证原因的证明资料(包括工商注销、机构撤销、列入非正常经营户、破产公告等证明资料);　　(二)相关业务活动的合同或者协议;　　(三)采用非现金方式支付的付款凭证;　　(四)货物运输的证明资料;　　(五)货物入库、出库内部凭证;　　(六)企业会计核算记录以及其他资料。