如果想要使用电子支票首先出票人需要在提供电子支付服务的银行或者金融机构进行注册，并开通拥有银行数字签名的电子支票。然后出票人用自己的私钥在电子支票上进行数字签名，用出票人公钥加密电子支票。
通过电子邮件将电子支票发送给收款方，收款方从电子邮箱中提取电子支票，并用公钥验证电子签名，再通过电子邮件将电子支票送到银行，把款项存人自己的账户。
电子支票的一般支付流程为：
①双方达成购销协议并选择用电子支票支付；②出票人在取得电子支票使用授权后，向收款人开出电子支票；③收款人得到电子支票并进行验证后，将其提交开户银行要求兑付；④开户行验证无误后，根据支票信息将款项从出票人账户划转到收款人账户并发出付款通知；⑤银行向出票人付出付款通知。电子支票的网络支付模式可分为同行电子支票网络支付模式和异行电子支票网络支付模式两种：同行电子支票支付流程和异行电子支票支付
电子支票系统作为一种现代化支付系统，需要大量的金融、社会资源协调一致来发挥推动作用，也需要巨大的时间成本、社会成本和经济成本，所以目前来讲电子支票的使用还未全面普及。