凭证附件缺少付款申请和签字，主要后果如下：1. 原始凭证不完整，记账凭证不符合《会计基础工作规范》中对原始凭证附件的审核要求，会计基础工作不达标。2. 付款审批流程缺失，无法证明该笔支出经过授权，存在资金被滥用、挪用或舞弊的风险，内部控制执行无效。3. 外部审计时，审计人员会将其视为内控缺陷，可能要求调整账务或出具保留意见；严重时可能认定为虚假列支，影响审计报告的真实性。4. 税务稽查时，缺少审批手续的凭证其真实性、合法性易被质疑，相关支出可能不被认可，面临纳税调增及补缴税款、滞纳金的风险。5. 一旦发生付款争议或后续对账问题，因无签字记录而无法明确责任人，企业难以追责和举证。简单说，这属于会计凭证要件缺失，直接后果是账务不合规，间接可能引发审计和税务麻烦，并削弱资金安全防线。