付款凭证后未附付款申请且无签字，主要后果包括：一是内控缺陷，审计时会被提出管理建议书，严重时出具保留意见；二是若涉及税务稽查，费用真实性存疑，可能导致相关支出不得税前扣除；三是若发生资金纠纷或舞弊，无法追溯审批责任，经办人和审批人可能承担连带责任。解决办法：一是在凭证装订前补齐付款申请单和审批签字，按公司授权审批流程补签；二是确实无法补签的，由经办人出具书面说明，注明付款原因、事由，经现任负责人签字确认后附于凭证后；三是规范后续流程，严格执行“先审批、后付款”制度，杜绝先付款后补手续的情况。若涉及税务问题，需在汇算清缴前取得合规票据和审批资料，以佐证业务真实性。