增值税进项税额抵扣采用的是“购进扣税法”，而非“领用扣税法”。只要购进材料取得合法抵扣凭证且用途符合规定，当月即可全额抵扣进项税额，与是否领用、领用多少无关。生产领用90%不影响当期进项税额抵扣。本题中，购进材料专票税额56万元应全额抵扣。但因管理不善丢失部分材料，属于非正常损失，已抵扣的进项税额需作转出。丢失材料成本5万元，其中运输成本1万元，则材料成本4万元适用13%税率，运输成本1万元适用9%税率，转出进项税额=4×13%+1×9%=0.61万元。因此可抵扣进项税额=56-0.61=55.39万元，选项C正确。