针对小规模纳税人去年漏登记发票且当季度已交增值税的情况，分两种情况处理：1. 年报未报：先更正去年对应季度的增值税申报表，补登记漏记发票，调整增值税及附加税。然后按更正后的账务数据填报企业所得税年报，汇算清缴时按实际利润申报，无需额外调整。2. 年报已报：先更正去年对应季度的增值税申报表，补缴或退税（视漏记发票金额而定）。然后更正企业所得税年报，在汇算清缴时调整应纳税所得额，补税或退税。若金额小，也可在当年汇算清缴时通过“以前年度损益调整”处理。