根据财税〔2016〕36号文附件2的规定，纳税人提供国际货物运输代理服务，其向客户收取的全部价款和价外费用，扣除支付给国际运输企业的国际运输费用后的余额为销售额。因此，你公司应选择第二种方式开具发票。具体操作应为：1. 开具一张税率为0%的普通发票，项目为“国际货物运输代理服务”，金额为5万元（即支付给国外的运费）。2. 开具一张税率为9%的增值税专用发票（或普通发票，根据客户需求），项目为“运输服务”或“国内运输辅助服务”，金额为1万元（即6万-5万的差额部分）。这样处理符合“差额征税”的规定，5万元部分享受免税，仅就1万元的增值部分缴纳增值税。