根据《中华人民共和国印花税法》第五条规定，应税合同的计税依据，为合同所列的金额，不包括列明的增值税税款。 因此，如果合同中分别列明了不含税金额和增值税税额，申报印花税时应当仅以不含税金额作为计税依据。如果合同只写了一个含税总价，未分别列明，则需以该含税总价全额计算缴纳印花税。 在电子税务系统中按不含税金额申报，只要与合同约定一致且符合上述规定，就是正确的操作，没有负面影响。关键在于合同条款的书写方式决定了计税基础。