是的。小规模纳税人向境外单位支付款项（如商标使用费），且该境外单位在境内无经营机构时，支付方甲公司有法定扣缴义务。扣缴增值税时，不适用小规模纳税人的征收率，而应按照所购买服务（无形资产）的适用税率计算。本题中商标使用费属于销售无形资产，税率为6%，因此计算公式为：含税价款 ÷ (1+6%) × 6%。