收入确认时间不是开具发票时。应根据企业会计准则，在提供服务并满足收入确认条件时确认收入。对于服务期限三年的合同，通常需要根据履约进度（如时间进度、工作量等）在一段时间内分期确认收入。在企业所得税汇算清缴时，如果会计上确认收入的时间与发票开具或收到款项的时间不一致，通常需要进行纳税调整。具体需根据《企业所得税法》及其实施条例关于收入确认时点的规定进行判断。