您提到“开票的手续费不计入收入，按另外渠道收取”，这改变了问题的性质。核心在于：**无论这笔手续费是否随发票直接收取，只要小规模个体户因开具这5万元发票而获得了经济利益（即手续费），该经济利益就构成了您的经营收入。**因此，对于这5万元发票对应的经营所得个人所得税计算，原理如下：1. **计税基础**：计算个税的依据是“应纳税所得额”，而非开票金额。在查账征收方式下，应纳税所得额 = **收入总额** - 成本 - 费用 - 损失等。您因开具这5万元发票所获得的全部经济利益（即实际收取的手续费金额），应计入当期的“收入总额”。2. **如何计算**：您不能直接用5万元发票金额计税。需要：* 首先，确定这笔业务为您带来的**实际收入是多少**（即您通过“另外渠道”收取的手续费具体金额，例如是5万元的2%、5%或其他比例）。* 然后，将此实际手续费收入，与您当期其他经营收入合并，作为总收入。* 最后，用这个总收入，减去为取得这些收入所实际发生的、与之相关的成本、费用等，计算出应纳税所得额。* 用这个应纳税所得额，去适用5%-35%的五级超额累进税率，计算应纳个人所得税。**关键点**：即使手续费单独收取，税务机关在检查时，也会关注这5万元发票背后的真实交易和资金流。如果发票金额（5万）与您申报的收入（手续费）明显不匹配，且无合理商业理由，存在被认定为隐匿收入、进行纳税调整的风险。因此，**开票金额（5万）本身不直接计税，但由此产生的实际收益（手续费）必须如实申报并计入收入总额**，再按规定计算个税。

针对您的问题，核心在于计算这笔“开票手续费”的税费。您的理解基本正确，但需明确以下几点：1. **增值税**：在季度销售额不超过30万元（普票）的情况下，开具1%征收率的普通发票，**免征增值税**。因此，这笔手续费收入本身不产生增值税。2. **经营所得个人所得税**：这是关键。这笔手续费收入属于您个体户的经营收入。计算个税时，**不能直接用5万元乘以税率**。正确的计算路径是：* **应纳税所得额** = 收入总额（含此手续费） - 成本 - 费用 - 损失 - 允许弥补的以前年度亏损等。* 在您“查账征收”的方式下，理论上需要核算成本费用。但在实务中，如果这笔手续费是纯收入，几乎没有直接对应的成本费用，税务机关可能会采用核定方式或要求据实申报。您提到的“直接套用5~35%累进税率”，实际上是在**核定应税所得率**或**直接核定应纳税额**的简化征收方式下才可能适用，这需要主管税务机关的认定。* 如果税务机关对您实行**核定应税所得率**征收，那么：应纳税所得额 = 收入总额 × 应税所得率（不同行业有固定比率，如10%）。然后，用这个应纳税所得额去套用5%-35%的五级超额累进税率表计算个税。* **结论**：在查账征收下，不能简单用开票金额直接套税率。您需要将此笔收入并入季度/年度总收入，减除实际发生的成本、费用等后计算应纳税所得额，再计税。若想简化，需与主管税务机关确认是否适用核定征收方式及对应的应税所得率。**重要提醒**：关联方（同一老板）之间的交易定价需符合独立交易原则，收取的手续费应具有商业合理性，避免被税务机关认定为转移利润或价格不公允而进行纳税调整。