首先确认款项性质：是借款、投资款还是其他往来款项。建议按以下步骤处理：1. 收集凭证：银行回单、股东转账记录、相关协议或说明文件2. 与股东核实资金构成比例，明确公司出资部分和股东出资部分3. 根据实际性质做账：- 若为借款：借：银行存款 50万贷：其他应付款-股东（股东出资部分）其他应付款-公司（公司原转出部分）- 若需调整前期账务，通过"以前年度损益调整"或相应科目处理4. 补充原始凭证缺失说明，由经办人签字确认5. 建议后续完善资金往来审批流程，确保业务发生及时入账注意保持资金流水与账务记载一致性，必要时咨询专业审计机构。