海关数据推送至电子口岸通常需要1-3个工作日。9月30日出口的报关单，在9月29日申报时电子口岸可能尚未显示数据。若查不到报关单信息，建议按以下步骤处理：1. 暂缓开具出口发票，待电子口岸数据更新后再补开；2. 联系报关行确认海关结关状态；3. 若申报截止日前仍无数据，可凭报关单预录入号先完成增值税申报，备注说明情况；4. 留存报关单复印件及物流凭证作为备案资料。这种情况在月末较常见，不影响退税办理，但需确保在退税申报期前完成数据补录。