长期挂账未取得发票的应付账款存在以下风险：1. 税务风险：可能被认定为虚列成本费用，面临补税、滞纳金和罚款2. 审计风险：无法提供合法凭证，审计时会被调整3. 财务风险：影响企业真实财务状况反映4. 法律风险：可能涉及虚开发票或偷逃税款建议尽快与对方协商解决，或通过法律途径追讨发票。若确实无法取得，需在汇算清缴时做纳税调整。

如果款项已支付但未确认费用，仅挂往来款，且最终无法取得发票，在汇算清缴时不需要做纳税调整。但需注意长期挂账可能引发税务关注，建议保留相关交易凭证备查。