可以通过公司账户发工资，但有前提：如果这是建设工程项目，农民工工资应通过农民工工资专用账户由总包代发，不能只用公司一般账户发；同时要做实名制、考勤和工资表。两个多月也要签用工协议或劳动合同，并依法参保，尤其是工伤保险，不缴社保违法，不能因为项目短就不缴。若不是工程领域、公司直接用工，通过公司账户发工资可以，但社保仍应依法缴纳。