母公司与子公司是两个独立的法人实体，员工与子公司签订劳动合同，社保应由子公司自行申报缴纳。若子公司员工社保由母公司缴纳，则社保关系与劳动关系不一致，存在合规风险。在此情况下，子公司申报个税时不能扣除该员工社保个人部分，因为该部分并非子公司实际承担或依法代扣代缴。建议调整社保缴纳主体与劳动关系保持一致。

可以。分公司申报个税时，员工社保个人部分可以在税前扣除，前提是社保确实由总公司统一缴纳且属于该员工个人承担的部分。分公司需取得总公司提供的社保缴纳凭证，并在个税申报时如实填报扣除金额。