对于在职员工工伤赔偿，公司承担部分的账务处理如下：金额较大（万元以上）时，建议通过“应付职工薪酬-福利费”科目核算。操作时，先计提：借：管理费用/生产成本等（根据员工部门），贷：应付职工薪酬-福利费；实际支付时：借：应付职工薪酬-福利费，贷：银行存款。金额较小（几千元）时，可直接计入当期损益，走“管理费用-劳动保护费”或“管理费用-其他”科目。操作：借：管理费用-劳动保护费，贷：银行存款。注意：无论金额大小，需保留工伤认定书、赔偿协议、支付凭证等原始单据备查。若涉及保险理赔，先冲减保险赔款，剩余部分按上述处理。