核定征收的个体户是否交税，取决于核定的月营业额或季度营业额是否超过当地税务机关设定的起征点（通常月营业额3-10万元，具体看地区）。你提到的“超5000元就要交税”不准确，5000元是增值税起征点（月销售额），但核定征收通常按核定定额计算，而非实际收入。两个公司是独立纳税主体，收入不会合并计算。你的个体户核定征收需交税，是因为核定的定额（可能是月营业额超过起征点）导致产生了应纳税额，与个人独资企业的亏损无关。具体计算：核定征收的个体户按核定收入乘以核定征收率（如1%-3%）计算增值税，再按经营所得计算个人所得税（通常按核定应税所得率）。建议查看你的核定通知书上的定额和税率。