这道题的关键在于区分哪些成本计入原材料总成本，以及如何计算实际入库数量。首先，原材料的成本包括货款、保险费和入库前的挑选整理费用，增值税是价外税，不计入成本。所以总成本是6000+350+130=6480元。其次，运输途中合理损耗是正常损失，不影响总成本，但会减少实际入库数量。题目说短缺10%，所以实际入库数量是200公斤的90%，即180公斤。最后，单位成本等于总成本除以实际入库数量，6480除以180等于36元。因此选D。