这两个规定并不矛盾，而是针对不同主体。第一个“直接或者间接持有上市公司已发行股份1%以上”是针对自然人股东本人及其配偶、父母、子女的限制，即只要持股超过1%，这些人就不能担任独立董事。第二个“在直接或者间接持有上市公司已发行股份5%以上的股东”是针对在持股5%以上股东单位任职的人员及其配偶、父母、子女的限制，强调的是任职关系，而非个人持股比例。两者适用对象不同：前者看个人持股比例，后者看任职单位的持股比例。