净损失计算步骤如下：1. 确定短缺存货的总成本：账面成本12000元，需考虑对应的增值税进项税额转出。因管理不善造成的非正常损失，其进项税额不得抵扣，应计入损失。增值税额 = 12000 × 13% = 1560元。2. 短缺存货的总损失 = 账面成本 + 转出的进项税额 = 12000 + 1560 = 13560元。3. 确定可收回的赔偿款：保险公司赔偿4000元，过失人员赔偿3000元，合计7000元。4. 存货清查净损失 = 总损失 - 可收回赔偿款 = 13560 - 7000 = 6560元。因此，应确认的净损失为6560元，对应选项C。