是的，你的理解正确。在固定资产总金额10万元（政府补贴5万，企业自筹5万）的情况下，如果该5万政府补贴符合不征税收入条件且专款专用，那么该补贴对应的资产折旧部分（即1万年折旧额中的5000元）不得税前扣除，需要在企业所得税汇算清缴时进行纳税调增。企业自筹资金对应的5000元折旧可以正常税前扣除。

分录需结合具体业务判断。政府补贴用于固定资产建设，若符合不征税收入条件且专款专用，则对应的折旧、摊销不得税前扣除；若不符合条件，则需计入当期应纳税所得额缴纳企业所得税。