选项C“大部分的商业资金是由公司制企业控制的”是正确的。这是因为公司制企业（尤其是股份有限公司和有限责任公司）具有融资优势，可以通过发行股票、债券等方式大规模筹集资金，且股东承担有限责任，降低了投资风险，因此吸引了大量资本。在实际经济中，公司制企业通常规模较大，控制了社会经济活动中的主要资本和资源，其资产总额、营业收入等占整体经济的比重很高，远高于个人独资企业和合伙企业。所以，从整体商业资金（或资本）的分布来看，大部分确实是由公司制企业控制和运用的。