根据规定，已抵扣但未入账的进项发票，应做进项税额转出，并补缴相应税款及滞纳金。具体操作如下：1. **进项税额转出**：在发现当月的增值税申报表中，通过《增值税及附加税费申报表附列资料（二）》第15栏“本期进项税转出额”进行转出。2. **账务处理**：补记入账，同时将已抵扣的进项税额计入成本费用。分录参考：* 借：相关成本/费用科目* 贷：应交税费—应交增值税（进项税额转出）3. **补缴税款**：完成转出申报后，需补缴该笔税款。4. **缴纳滞纳金**：从税款滞纳之日起（即原抵扣所属期申报截止日次日），按日加收万分之五的滞纳金。5. **后续处理**：若未来找到发票，可重新按规定认证抵扣，并相应冲回成本费用及转出税额。建议尽快处理，并联系主管税务机关说明情况，主动纠正可降低处罚风险。