是的，一般纳税人在申请注销前必须结清财务报表上的往来款项。根据税务注销流程，企业需要完成以下步骤：1. 清理应收账款、应付账款等往来科目，确保余额为零或已妥善处理；2. 处置存货、固定资产等资产，并完成相关税务处理；3. 结清所有应纳税款、滞纳金和罚款；4. 取得税务局的清税证明。若往来款项未结清，可能导致注销申请被驳回或引发税务稽查风险。建议聘请专业会计师协助处理账务清理工作。