农药和有机肥的税收政策确实存在地区性执行差异。部分地区对有机肥免税备案要求更为严格，可能需要提供产品检测报告或农业生产资料经营资质。建议您向主管税务机关核实当地对有机肥免税的具体认定标准，同时确认农药销售是否适用农产品抵扣政策。实操差异可能源于纳税人身份认定、发票开具方式或备案材料完整性等因素。

批发零售农药和有机肥需要交税。农药属于增值税应税项目，一般纳税人适用9%税率，小规模纳税人适用3%征收率。有机肥享受增值税免税政策，但需按规定进行免税备案。同时需缴纳企业所得税，若符合小型微利企业条件可享受优惠税率。具体纳税情况需根据纳税人类型、销售额度及当地政策确定。