B公司作为跨区域提供建筑服务的纳税人，收到预收款时应在次月（10月）申报期内预缴增值税。若9月未预缴，需在11月补办：通过电子税务局或办税大厅办理"增值税预缴申报"，选择对应所属期（9月），补缴税款及滞纳金（自10月16日起按日加收万分之五）。申报时需提交分包合同、预收款凭证等资料。一般纳税人跨区域项目按2%预征率计算：50万÷(1+9%)×2%=9174.31元。

建议按以下方式设置科目：工程施工—项目名称—劳务合同—人工费/材料费/机械费工程施工—项目名称—临建工程—人工费/材料费/机械费这样设置能清晰区分两个合同的成本构成，便于后续成本核算和分析。临建工程作为独立明细科目，可准确归集临时设施建设相关支出。