建筑企业跨区域项目个税申报功能是指企业在异地开展项目时，可通过电子税务局开通多个部门（项目部）的个税申报权限。具体操作如下：1. 登录电子税务局，进入“跨区域涉税事项报告”模块，新增或修改跨区域项目信息。2. 为每个异地项目部单独申请税务登记或报验登记，获取独立的纳税人识别号或项目编号。3. 在个税申报系统中，通过“多部门管理”或“项目部管理”功能添加这些异地部门，并配置申报权限。4. 每月申报时，分别选择对应的项目部，录入员工收入信息，完成个税申报和缴纳。需注意：不同地区税务局的具体操作流程可能略有差异，建议提前咨询项目所在地税务机关，确保符合当地要求。