针对该问题，建议采取以下处理步骤：1. 立即向证券机构申请更正代扣代缴行为，说明合伙企业中有法人合伙人不应代扣个税的情况2. 准备以下材料申请退税：- 合伙企业工商登记资料- 合伙人身份证明（区分自然人和法人）- 代扣代缴凭证- 利润分配方案3. 对于已错误代扣的法人合伙人部分税款，可向税务机关申请退税或在下期税款中抵扣4. 建议完善合伙企业财务核算，明确区分不同性质合伙人的收益分配，避免类似问题再次发生5. 必要时可咨询专业税务师协助处理退税事宜