个税手续费返还按照缴税入库时间起算，主要依据是《国家税务总局关于修订部分个人所得税申报表的公告》（国家税务总局公告 2019 年第 46 号）。该公告的附件 5《代扣代缴手续费申请表填表说明》中提到，申请手续费金额按照申请年度代扣代缴（含预扣预缴）个人所得税实际入库税额的 2% 计算。在实际操作中，自然人电子税务局（扣缴端）的【确认结报单】界面中结报期限显示的也是税款入库日期，而非税款所属期。