连锁药店的房屋租赁合同由总公司与房东签订，但发票抬头可以开给具体门店。具体操作如下：合同主体：总公司作为签约方，负责与房东签订租赁合同。发票抬头：虽然合同是总公司签署，但发票抬头可以开给具体门店。需在开票时向税务局说明情况，并提供相关证明，如总公司授权门店使用租赁场所的文件。税务处理：确保税务处理符合当地规定，可能需要提供总公司和门店的关系证明（如隶属关系证明）。沟通确认：建议提前与税务局沟通，确保操作合规，避免后续问题。总结：可以开给具体门店，但需与税务局确认并提供必要证明。