补发工资个税的处理各地执行口径不一，具体可以咨询你们当地税局。 以下地方相关法规供参考： 内蒙古自治区地方税务局关于补发工资有关个人所得税政策问题的公告2014年第3号一、对于企业因资金短缺等原因未能按期支付的职工工资，且在企业会计账簿中按月计提，应事先向主管税务机关提供书面说明，情况属实的可按照纳税人应取得工资收入的所属期间，计算缴纳个人所得税。二、对由于职务晋升、工作调动、新进人员定级等原因，按照相关工资政策规定标准调资等原因补发以往月份工资，应向主管税务机关提供书面说明，情况属实的可以把补发工资分摊与所属月份工资薪金所得合并计征个人所得税。三、对于纳税人不符合第一条、第二条的补发工资应将补发工资与当月工资合并计算缴纳个人所得税。