如果有协议约定的，应该按其约定（不公允的除外）作为无形资产的入账价值。不知道您所说的和公允价值不一致，是怎样的不一致？如果只是很小的差别，那么还是应该按照协议约定来确定入账价值的，如果是非常大的差异，比如1块钱的东西，约定为1000，那么就应该按照其公允价值入账。接受无形资产投资，是需要记进项税额的。分录为：借：无形资产 应交税费——应交增值税(进项税额） 贷：实收资本 资本公积——资本（或股本）溢价